一、按用途分類
按用途可分為兩大類。
1、工業潔凈室——以無生命微粒的控制為對象
主要控制無生命微粒對工作對象的污染，內部一般保持正壓。它適用于精密工業、電子工業、宇航工業、化學工業、原子能工業、印刷工業、照相工業等部門。
2、生物潔凈室——以有生命微粒的控制為對象。
生物潔凈室又可分為：
（1）一般生物潔凈室，主要控制有生命微粒對工作對象的污染。同時其內部材料要能經受各種滅菌劑侵蝕，內部一般保持正壓。其實質上是結構和材料允許做滅菌處理的工業潔凈室，可用于食品工業（防止變質、生霉）、制藥工業（高純度、無菌制劑）、醫療設施（手術室、各種制劑室、調劑室）、動物實驗設施（無菌動物飼育）、實驗設施（理化、潔凈實驗室）。
（2）生物學安全潔凈室（又稱生物安全實驗室），主要控制工作對象的有生命微粒對外界和人的污染，內部保持負壓。用于實驗設施（細菌學、生物學潔凈實驗室）、生物工程（重組基因、疫苗制備）

二、按氣流分類：
（1）單向流潔凈室；
（2）非單向流潔凈室（亂流潔凈室）
（3）輻（矢）流潔凈室；
（4）混合流（局部單向流）潔凈室；

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